Сан-Пауло вперые был основан 25 января 1930 и спустя 5 лет поменяв названия 16 декабря вновь продолжил свое существование с новым названием, тоесть которое существует в наше время. Клуб возник в результате воссоединения двух клубов "Athletico Paulistano" (основанный 29 декабря 1900 гожа) и "Atletica Palmeiras" (основанный 9 ноября 1902 года и не перепутайте его с сегодняшнем клубом выступающим в Чемпионате Бразилии Палмейрас - нет, - это не тот клуб). Цвета нового клуба унаследовались от двух распавшихся клубов Paulistano(белоый цвет и черный цвет Palmeiras). Футболка красная с красной и черной горизонтальной полосой, что соответствует цветам эмблемы клуба.

Период 1930-1939 года

В своем первом чемпионате (1930) Сан-Паулу занял второе место при этом проиграв всего один раз. В 1931 СП с 20 победами удавалось завоевать трофей чемпиона. Было одержано 20 побед, 5 матчей завершились вничью. В 1932 и 1933 команда была одна из самых успешных клубов в Бразилии. В 1934 слишком дорогие места на трибуну обернулись для клуба финансовыми трудностями, что привело 14 мая 1935 года к роспуску команды. Благодаря использованию связей и нескольких влиятельных людей, 16 декабря 1935 года был основан новый Сан-Паулу Футбольный клуб(сокращенно СПФК). Первоначально новый клуб должен был с новой поддержкой одержать новые победы, но прошло несколько лет прежде чем клуб показал более менее стабильный результат. В 1938 СПФК занял в первенстве Бразилии второе место.

Период 1940-1949 года

В 1942 году СПФК содрогнул трансферный рынок и купил Леониду (известный как Черный алмаз), во время его дебюта 24 мая 1942 года на стадионе Пачембу(построенный в 1940 году) присутствовало рекордное количество зрителей 70 281 тыс. человек, этот рекорд по посещаемости на жтом стадионе дердится и по сей день. В следующем году (1943) СПФК вновь стал чемпионов своей страные. С тех пор команда показывает великолепные результаты. СПФК также становился чемпионов в 1945, 1946, 1948 и 1949 годах.

Период 1950-1959 года

В начале пятидесятых решался вопрос о постройке для клуба нового стадиона, так сказать большой клуб должен иметь большой стадоин. 15 августа 1952 года был заложен первый фундамент стадиона Морумби. Это самый большой футбольный стадион мира, который принадлежит футбольному клубу СПФК. Для строительства нового стадиона использовалось 340'000 куб.м. выемки, 280'000 мешков цемента и 50'000 т арматуры.

Период 1960-1969 года

2 октября 1960 года еще на не законченным стадионом торжественно открылся победой (1:0) над Спортингом Лиссабон. Следующее звание чемпиона СПФК завоевал в 1970 году. В 1958 СПФК стал вторым и в 1959 году третьем. Чтобы команда могла финансировать новый стадион, СПФК создал футбольную школу. Новые игроки обучались, тем самым развивая себя и школу, а затем молодые дарования продавались другим клубам за хорошие деньги. В этой сфере также активно развивался ФК Сантос.

Период 1970-1979 года

Финансовые проблемы СПФК закончились после окончания постройки нового стадиона 1970 года. Игра открытия 25 января 1970 года проходила против команды из Португалии и закончилась в ничью (1:1). Стадион Морумби в те времена вмещал 150'000 зрителей, и на открытие присутствовало около 100'000 человек. СПФК имел неплохие доходы и мог позволить себе покупать хороших игроков. В 1970 1971 года вновь становиться чемпионом Бразилии. В 1972 году СПФК впервые сыграл в Кубке Либертадорес, которые соответствуют Лиге чемпионов для Южной Америки, и проиграл в полуфинале Индепендьенты из Аргентины. В 1974 году СПФК проиграл финал в Кубке Либертадорес.

Период 1980-1989 года

Футбольная держава под названием СПФК доминировала в восьмидесятых годах в Бразилии. Команда принияла участие в 10 финалах и завоевала чемпионство в 1980, 1981, 1985, 1987 и 1989 годах.

Период 1990-1999 года

В течение девяностых годов СПФК уже считался как один из самых сильныз клубов в мире. Девиностые годы можно назвать началом эпохи побед в международных турнирах. Ведь до 1992 года команда ничего подобного не выигрывала. Никто не хотел с этим мириться, ведь когда-то надо начинать, и в этом же году команда завоевала Кубок Либертадорес и тем стала лучшей командой мира. В 1994 году СПФК завоевал Кубок КОНМЕБОЛ и чуть позже Рекопу Южной Америки. До 1997 года команде более ничего не выгрывала. В 1998 году команда смогла завоевать титул чемпиона своей страны.

Период 2000-2009 года

Начало нового века было более чем удачно, команда сразу выиграла Чемпионат своей страны. Год 2001 можно назвать неудачным, так как команда завоевало 8-ое место в чемпионате, однако удалось выиграть Торней Рио. В 2002 изменился регламент чемпионата Бразилии и команда и в этом году без особых проблем смогла завоевать чемпионство. В 2003 году чемпионат проходил по новому регламенту и СПФК смог занять лишь третье место. В 2005 году в рамках Кубка мира проводимый среди клубов в Японии, в финале СПФК обыграл Ливерпуль со счетом (1:0). Тем самым подтвердив звание лучшего клуба мира. С 2006 года вплоть до 2008 года клубо смог выиграть три раза подряд Чемпионат своей страны.